使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性

熊荣川， 中国科学院成都生物研究所

在进行种群遗传学研究时，都会用到核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（Hd）。

下面简单介绍怎样用软件 DnaSP v5（Librado et al.，2009）得到相关的信息 首先我们需要一个比对好的 fasta 文件，例如 taiwan30aln.fas

打开 DnaSP v5

打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框，或者说软件赋予你的数据的一些默认信息

比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型，因此我们常常需要对之进行 修改以符合我们数据的实际情况，关掉这个信息框之后使用“data”-> “format”选项卡进行修改。

修改好之后，进行 DNA 多态性分析“Analysis”->  “DNA Polymorphism”

结果中包含了我们需要的核苷酸多样性（Pi）和单倍型多样性（Hd），当然了还有很多其他相关的信息。