无root权限用户安装ABySS方法

首先引用一下官方对ABYSS的介绍：

ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. The single-processor version is useful for assembling genomes up to 100 Mbases in size. The parallel version is implemented using MPI and is capable of assembling larger genomes.

在目前比较多的linux服务器上gcc版本是4.1.xd左右，安装编译ABySS会报错，在ABySS的google groups询问，解决方法是升级GCC到4.5.1

编译安装gcc之前需要先安装三个必须的软件，分别下载之：

GMP:

wget ftp://ftp.gmplib.org/pub/gmp-5.0.1/gmp-5.0.1.tar.bz2

解压：tar jxvf gmp-5.0.1.tar.bz2

进入目录：cd gmp-5.0.1

配置：./configure --prefix=$HOME

编译：make

安装：make install

(下面的过程比较相似，只写出配置步骤)

MFPR:

wget http://www.mpfr.org/mpfr-current/mpfr-3.0.0.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --with-gmp=$HOME

MPC:

wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.2.tar.gz

./configure --prefix=$HOME

在这里我们在配置的时候将安装目录统一指定为$HOME，将程序执行文件，库文件及头文件全部安装在自己的目录下，呵呵，因为没有root嘛

下载新版gcc:

wget http://gcc-uk.internet.bs/releases/gcc-4.5.1/gcc-4.5.1.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --with-gmp=$HOME --with-mpfr=$HOME --with-mpc=$HOME

这样新版的gcc就安装到了我们的home目录，为了默认使用新的gcc修改自己的配置文件例如.bash_profile或.bashrc

gcc升级完毕后我们来安装Google sparsehash，这个软件可以减少内存的使用

wget http://google-sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-1.9.tar.gz

./configure --prefix=$HOME

现在开始下载安装ABySS:

wget http://www.bcgsc.ca/downloads/abyss/abyss-1.2.5.tar.gz

./configure --enable-maxk=96 --with-mpi --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

设置成允许最大k-mer为96，并行计算mpi支持，安装到home目录，指定google sparsehash头文件所在

编译安装后就可以自己的home目录下$home/bin下找到ABySS的所有可执行命令文件了。

补充;

后来运行abyss-pe进行拼接，设置并行任务数为10，结果一直没有多进程运行，然后安装目录也没有ABYSS-P文件，就groups去问，可能是openmpi的问题，于是重新下载openmpi安装，重新编译ABySS

OpenMPI：

wget http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.3.tar.bz2

./configure --prefix=$HOME --enable-mpi-threads

进到abyss安装目录，重新配置编译：

./configure --enable-maxk=96 --with-mpi=$HOME/lib/openmpi --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include

再运行，终于可以多线程并行拼接了~呵呵

参考来源：lidaof的博客（http://blog.sina.com.cn/lidaof）