根据比对的bam文件来对peaks区域可视化

之前分析了好几个公共项目，拿到的peaks都很诡异，搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于，功夫不负有心人，我分析了一个数据，它的peaks非常完美！！！可以证明，我的分析流程以及peaks绘图代码并没有错！数据来自于http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE74311，是关于H3K27ac_ChIP-Seq_LOUCY，组蛋白修饰的CHIP-seq数据，很容易就下载了作者上传的测序数据，然后跑了我的流程！https://github.com/jmzeng1314/NGS-pipeline/tree/master/CHIPseq

本文的重点在于讲解如何查看自己的peaks是否是正确的！我是直接用比对的bam文件来用samtools depth命令来获取peaks区域的测序深度，从而画图的，代码见step5-peaks-view-samtools-depth.R

在终端调用我的代码画图命令如下；

Rscript ~/scripts/peakView.R ../unique_peaks.bed ../../SRR2774675.unique.sorted.bam ../../SRR2774676.unique.sorted.bam
Rscript ~/scripts/peakView.R ../unique_peaks.bed ../../SRR2774675.unique.sorted.bam ../../SRR2774676.unique.sorted.bam

下面随便看两个peaks，很明显是双峰模型，而且IP的测序深度远高于INPUT，数据非常棒！

然后我不得不指出如果CHIP-seq实验失败，那么peaks会很诡异，首先你会看到测序深度大多都在10以下，即使有部分测序深度很高的，也是IP和INPUT的测序深度压根就没有差异，下面就是一个典型的失败案例！

这种实验失败的数据，实在是无法分析。而转录因子的CHIP-seq实验失败率还挺高的，所以一定要有control

原文来自：http://www.bio-info-trainee.com/1843.html