在Biojava中,特征(Feature)有点象具有位置(Location)属性的注释(Annotation)。各种类型的特征必须都实现特征接口。所有的特征实现都包含一个叫做模版(Template)的...
BioJava中如何编辑一条序列
有时候你可能希望改变序列或标志链的标志次序.例如你可能希望能删除或者插入或者重写DNA序列中的碱基. Biojava标志链有一个edit(Edit e)方法,能够以Edit对象为参数编辑标志链.Edi...
BioJava中改变序列的名字
大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样,在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...
利用BioJava将DNA序列转录成RNA序列
在Biojava中,DNA和RNA序列以及标志链(SymbolList)使用不同的字母表。你可以使用RNATools的静态方法transcribe()将DNA转录成RNA。 [code lang="j...
利用BioJava从一条序列中得到子序列
给定一条序列,我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流,例如STDOUT。如何做到这些? Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1,最后...