GenBank,SwissProt和EMBL文件中物种属性是一条注释。所有要做的工作就是检查序列注释信息看看物种属性是否符合要求物种属性的名称依赖于数据源,在EMBL,SwissProt中用"OS"表...
利用BioJava列出序列中的注释
当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时,文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话,就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话,...
利用BioJava定制一个范围位置(RangeLocation)
在Biojava中范围位置对象代表标志链中一段区域,由唯一的起始和终止来定义。 下面的例子展示了范围位置。 [code lang="java"] import org.biojava.bio.symb...
如何利用BioJava根据类型来筛选特征
如果你解析一个详细的GenBank文件,你将会面对包含不同类型的多个特征的序列。也许你仅仅对其中一些类型的特征感兴趣,比如说"CDS"。 你应该使用特征过滤器(FeatureFilter)来过滤这些特...