对于蛋白质序列,计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度,一旦这个矩阵定义好了以后,比对程式就可以利用这个矩阵,尽量将相似的残基排在一起,以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种,第一...
合并454和Solexa拼接结果的contig
用454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好,而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差,所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在...
SolexaQA:Illumina/Solexa测序Reads质量评估及分析软件
SolexaQA 是一个基于unix开发的perl脚本程序,用于Solexa 测序的Reads质量评估以及低质量Reads过滤。 SolexaQA 从Fastq文件统计rea...