如果你解析一个详细的GenBank文件，你将会面对包含不同类型的多个特征的序列。也许你仅仅对其中一些类型的特征感兴趣，比如说"CDS"。 你应该使用特征过滤器(FeatureFilter)来过滤这些特...

很多DNA分子,比如说质粒和细菌染色体是环状的。这样环状的分子上的位置就相对的模糊（比如说原点的定义不同，位置也不同）。在Biojava中真正的环状标志链并不存在。标志实际上是以数组或指针存储的。环状...

使用DNATools.reverseComplement(SymbolList sl)方法能够很容易的获得序列或标志链的互补链。在RNATools中有相对应的方法用来获得RNA的互补链。 [code ...

一个重要并且常用的I/O任务是将序列从文本文件读到内存中。SeqIOTools提供很多静态方法能够将文件读到Biojava中。 解决方案有很多。方案一更特别，方案二更通用。 方案一 [code lan...

前面介绍了《如何利用BioJava设置一个BLAST解析器解析BLAST结果》，解析FASTA结果和解析Blast结果非常相似。 仅仅将解析Blast结果的程序中的： [code lang="java...

一个生物信息学常遇到的任务是BLAST搜索。Biojava能够解析哪些"BLAST"类型的输出，比如Blast或者HMMER的输出。Biojava在这里使用了基于SAX事件处理的方法，通过设置监听器来...

在Biojava中，序列中的位置是用一个实现了位置(Location)接口的简单对象代表的。 一个点位置是序列或者标志链(SymbolList)中单个标志(Symbol)的位置.点位置有公共的构造器可...

 By Seth Axen (11/18/08) Explanation: A pseudogene is a genetic sequence which is nonfunctional. Wha...

在Biojava中，特征（Feature）有点象具有位置（Location）属性的注释（Annotation）。各种类型的特征必须都实现特征接口。所有的特征实现都包含一个叫做模版（Template）的...

有时候你可能希望改变序列或标志链的标志次序.例如你可能希望能删除或者插入或者重写DNA序列中的碱基. Biojava标志链有一个edit(Edit e)方法,能够以Edit对象为参数编辑标志链.Edi...