大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样，在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...

在Biojava中，DNA和RNA序列以及标志链(SymbolList)使用不同的字母表。你可以使用RNATools的静态方法transcribe()将DNA转录成RNA。 [code lang="j...

给定一条序列，我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流，例如STDOUT。如何做到这些？ Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1，最后...

很多时候我们将序列用一个由字符组成的字串表示，如 "atgccgtggcatcgaggcatatagc". 这是表示复杂生物序列的一种非常方便简洁的方法。Biojava使用SymbolLists和Se...

杂交产物成分表用来将一组标记包装成单个标记。这有利于处理象密码子这样的标记。然而，有时候我们希望将这些标记转变回它们的组成标记，下面的例子说明了如何完成这个任务。 杂交产物成分表中的标记实现了原子标记...

杂交产物成分表(cross product alphabet)由多个其他成分表生成。目的是将两个或者多个标记包装成单个的“杂交产物”标记。例如，使用三个DNA成分表杂交可以将密码子（三联密码子）包装成...

Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出，很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法，能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何...

很多生物信息学工作从读取测序仪的DNA片断开始.常用的是ABI测序仪的输出.Biojava包括了一个ABITrace类能够解析ABITrace文件或URL或者是存储他的byte[]数组.下面的程序由M...

为完成这个任务,我们将继承先前例子中的通用读取器,包括将序列以FASTA格式输出的能力.这里提供两个程序,一个适用于Biojava1.3pre,一个适用于Biojava1.3. 使用Biojava1....

SeqIOTools类包含了读取GenBank,SwissProt,EMBL文件的方法。因为文件中包含了不止一条序列，所以SeqIOTools返回一个序列遍历器（SequenceIterator)能够...