非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),指的是不被翻译成蛋白质的一类小RNA,长度一般为20~25个核苷酸(nucleotide,nt),转录ncRNA的DNA序列叫非编码RNA基因...
用RAxML构建极大似然进化树
张金龙 中国科学院植物研究所,jinlongzhang01@gmail.com RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至...
NCBI的COG介绍
什么是COG? “COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins(蛋白相邻类的聚簇)的缩写。构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或...
分子进化树构建及数据分析方法介绍
方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME(Minimum Evolution,最小进化法)和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)等。其他的几种方法包括MP(Maxi...
遗传密码的新排列和起源探讨
肖景发, 于军 中国科学院北京基因组研究所, 中国科学院“基因组科学及信息”重点实验室 摘要 根据DNA核苷酸组分的动态变化规律将遗传密码的传统排列按密码子对GC和嘌呤含量的敏感性进行了重排. 新密...
小Y退化记——性染色体演化的故事
陈振夏 很久很久以前,当自然界还单调灰暗,生物不分性别,无所谓男女之时,在组成生物体的一个个细胞深处,已经居住着一条条染色体。他们身形多变,有时轻盈如丝,有时粗短如棒[1];他们身怀绝技,统领蛋白质大...
达尔文和他改变的世界
纪念查尔斯•达尔文诞辰200周年 作者简介:龙漫远,美国芝加哥大学生态与演化学系终身教授,北京大学生物信息中心长江学者讲座教授,主要从事遗传学与演化论研究;陈振夏,北京大学生物信息中心博士研究生, 主...
“重女轻男”细菌扳倒进化平衡
生物学家发现一种细菌感染正在美国西南部最常见的一类农业害虫的种群中肆虐。这种细菌(立克次氏体)是人类斑疹伤寒始作俑者的近亲。它的宿主叫甜薯粉虱 (sweet potato whitefly),它们体型...
大米的逆袭:植物操纵了我们的身体吗?
科学家发现,植物中的一些微小RNA会进入人体,控制人体的基因活性,以更主动的方式影响人体。这是第一次实验证明,植物的微小RNA竟然是一个超级杀手,可以跨物种执行任务!这也许证明了“一方水土养一方人”,...
Sashimi-plot:isoform表达画图工具
以下是官方对Sashimi-plot的简单介绍: Sashimi-plot is a utility for automatically producing publication-quality p...