第一部分 基因芯片的数据标准化(Normalization) 对基因芯片数据的标准化处理，主要目的是消除由于实验技术所导致的表达量(Intensity) 的变化，并且使各个样本(sampl...
生物细胞非编码 RNA 的调控
Abstract: Epigenetics is the study of meiotically and mitotically heritable changes in gene express...
WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis
WGCNA: 是一个基于R语言编写的综合性加权关联网络分析软件，可以用于基因的共表达网络分析。主要分析功能有： network construction, module detection gene ...
mGene: Accurate Computational Gene Finding
mgene 是一款基于机器学习的方法，从真核基因组序列中预测但白白编码基因的软件。 同时mgene.web是一款web服务程序。 mGene is a computationa...
批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍
构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台，可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等，这里主要介绍hmmscan与hhsearch。 hmmsca...
hmmer的安装与使用
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blas...
基于HMM的基因功能鉴定
目的： 鉴定该物种中某个基因家族的所有成员； 每个基因的功能鉴定； 什么是HMM： HMM(Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型)是一种用参数表示的用于...
GFF格式说明
gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的那里到那里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的...
NCBI在线BLAST可利用的数据库简要说明
Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nr All non-redundant GenBank CDS translations + Ref...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA...