BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 基本局部比对搜索工具,是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进 行相似性比较的分析工具,它是基...
Formatdb 命令行参数详解
formatdb - 得到 formatdb 所有的参数显示(见附录二)和介绍,它可以根据我们的想法把源数据库格式化. 主要参数的说明: -i 输入需...
GO分析的相关工具
GO委员会工具 AmiGO [http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi] AmiGO提供检索和浏览GO委员会提供的本体学(ontology)...
在线分子生物学数据库索引
《核酸研究(Nucleic Acids Research)》搜集其上发表的或者其他杂志上发表的关于数据库的文章,建立的数据库索引。并且建立了一个分类系统,将这些数据库资源进行分类。建立的资源大多会发文...
人类染色体G带图(Ideogram)的画法
什么是染色体G带图 将染色体经过一定程序的处理,并用特定的染料染色后,使染色体在其长轴上显示出一个个明暗交替或深浅不同的横纹,这样的横纹就叫做染色体的带。染色体G带也称为G显带,是最常用的染色体检查方...
蛋白注释相关的工具
随着蛋白质数量的增加,对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库,在nr库中,序列与序列的相似性是不均等的,当我们使用blast进行序列两两比对的时候,...
Phrap 与Phred使用方法快速入门
本文主要介绍 phred\phrap-基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包 的一部分,主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大...
序列以及序列比对中常见术语
有些你看着知道,其实让你说,又说不出多少;有些你以为自己知道,但你不知道自己仅仅了解了其中的一部分。许多概念,虽说只是一个词,但是其背后是一个专业的领域模型,每一个概念在不同的环境有着不同的故事,看见...
CGView Server:环形基因组可视化比较工具
CGView是一种画图工具,生成展示序列特性、基本组成片段、分析相似片段的圆形基因图解图,需要提供的序列为raw、FASTA、GenBank和EMBL格式, 另增加特性或者分析信息请在提交的GFF文件...
CAMBer与CAMBerVis:比较分析多个细菌及其结构注释的可视化
CAMBer(Comparative Analysis of Multiple Bacterial Strains)是一款比较分析多个细菌基因组的软件,同时CAMBerVis这款软件可以同时对多个细菌...