准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压： tar zxvf ...

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件，从1.0版本到现在的3.0版本，预测的准确度和速度都已经提高了很多，并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...

基本 一、数据管理 vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 leng...

Phrap ("phragment assembly program", or "phil's revised assembly program"), Phrap是由华盛顿大学分子生物技术学院的Phi...

详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前，你的linux系统需要如下基本组件： PERL，这个常见的linux...

直接iprscan是不行的，需要加个-cli才能正常运行，不然出现一大堆HTML的代码，这里的cli 是command-line interface 简写。 usage: ./iprscan -cli...

1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说，对不同的数据，用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer，然后看结果的N50，找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...

string类的构造函数： [code lang="cpp"] string(const char *s); //用c字符串s初始化 string(int n,char c); //用n个字符c初始化...

对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一...