通常的翻译的例子展示了如何使用RNATools将RNA标志链翻译成蛋白质,但是具体细节隐藏在translate()方法中。如果你想将单个的密码子翻译成氨基酸,那么你就要明白具体的细节了。 实际上有很多...
利用BioJava翻译DNA序列或标志链
要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤: 转录成RNA 获得标志链的密码子(三联子) 翻译成蛋白 大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了,如果你的...
利用BioJava获得DNA,RNA或蛋白质的成分
在BioJava中,成分表(alphabets)是标记(symbol)的集合。(例如,DNA就是一种成分表,其中a,c,g,t是标记,DNA是这四种标记的集合。相似地,RNA由a,c,g,u四种标记组...
利用BioJava建立一个多义标记(ambiguous symbol)
IBU定义了标准的多义标记。例如Y代表C或T, R代表G或C, N代表任何一种碱基。Biojava用基本标记(BasisSymbol)来表示这些标记。基本标记对象可以包含一个或多个组份标记,而这些组份...
DNAstar软件的使用(四)Seqman 去除载体
插入到载体上的片段在分析前需要先去除载体序列,而Seqman 提供了自动去除载体的功能,你只需选择你的载体类型即可,点击图中的下拉框即可看到软件自带的载体文件 选择好前后载体后,导入文件的Vector...
测序峰图的基本知识
测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可下载)打开. 四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度; 正常的峰图,波峰与波谷清晰...
On the Process of Becoming a Great Scientist
1. Don't worry about age, worry about being exposed to new ideas. While it appears that age plays a ...
GBrowse之频率直方图
GBrowse之频率直方图,有称为频率分布图,Generating Feature Frequency Histograms,用以展示这些统计信息,可以表意以下信息: 不同区段内基因组Gene或者SN...
gbrowse图形显示配置
Gbrowse图谱可以分为三部分,overview,region,details,每一部分都可以显示0到多个的映描(track),对于trace的定义,可以分为以下几部分: track显示的内容,显...
release linux memory
用centos的会发现,有时候系统处于空闲状态,但是内存全部被消耗。 其实这事是一个假象,内存不是真实的被消耗而只是被用作缓存,当系统有程序运行这些内存还是能够用于程序运行的。 如果想尽快释放缓存,可...