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用R一页绘制多图以及绘制组合图(一幅图上添加新图)
在同一页面上绘制多张图用layout()函数，在一幅图上添加新图，得到组合图用par()函数，下面举个例子。 data <- read.table("http://www.ats.ucla.ed...
Gene Expression Omnibus (GEO)介绍
为了支持公共使用和散布基因表达数据，NCBI开始了基因表达汇编（GEO）计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源，用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自于microarray，高...
生物信息学工具使用的经验之谈
荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验，改动较大，不喜误入。 我从未给别人世界末日的感觉，我告诉他们真想，...
Quake的安装方法
目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
Small RNA测序相关问题集锦
Small RNA是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。Small RNA包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等。Small RNA通过多种多样的...
FastQ数据质量值转换
不同的平台测出来的数据采用的质量编码格式一般会有差异。关于FastQ的格式介绍可以阅读《FastQ格式介绍》 譬如sanger的编码采用的是质量值+33，而Soleax采用的是质量值+64。有时候由于...
转录组测序问题集锦
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
DNA甲基化测序问题集锦
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记，胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...
目标序列捕获测序常见问题集锦
目标序列捕获测序，是将感兴趣的基因组区域定制成特异性探针与基因组DNA进行杂交（固相或液相），将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序。这种新的方法与PCR方法相比，通量高，...