芯片分析概述 随着基因芯片技术的普及，基因表达数据大量产生，如何充分利用这些数据并从中提取有用的生物学知识，是生物信息学所面临的一个迫切问题。简要来说，生物芯片数据分析流程大体可分成以下几个阶段。 扫...

高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低...

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp:...

还在纠结用如何用R读取Excel的同学有福了。昨天逛CRAN的时候发现了一个xlsx包，它给出的介绍是可以读取、写入Excel 2007/2003文件并支持格式的设置。简单地来说，将Excel读取为数...

Metropolis Hasting（下面简称MH）是蒙特卡罗马尔科夫链中一种重要的抽样方法。本文简要介绍MH算法，并给出一个实例。 MH算法在参数空间随机取值，作为起始点。按照参数的概率分布生成随机...

在Kaplan-Meier生存分析中有三种检验方法：log-rank、breslow、tarone。有时候会出现三种检验方法结果不一致的情况，到底取哪一个结果呢？ 我查阅了一些统计学书籍，给出的解释大...

一、ROC曲线的概念 受试者工作特征曲线（receiver operator characteristic curve, ROC曲线），最初用于评价雷达性能，又称为接收者操作特性曲线。ROC曲线是以真...

一、概述 对病例和对照进行配比能控制影响实验效应的主要非处理因素，可以提高统计分析的效能，可分为1:1，1:n，m:n配对。SPSS中未提供专用的配对logistic回归的功能，通过变换，可以使用其他...

卡方检验卡方检验一、相关分析方法的选择及指标体系 （一）两个连续变量的相关分析 1、Pearson相关系数 最常用的相关系数，又称积差相关系数，取值-1到1，绝对值越大，说明相关性越强。该系数的计算和...

一、概述 Cruskal-Wallis秩和检验类似于方差分析，用于检验各个样本的总体是否相同，当正太假设和方差齐性不能满足时，可用该检验。 二、问题 某人搜集了三大公司股票每股所能获利的钱数，是比较三...