第十三届全国植物基因组大会第一轮通知 为充分展示植物基因组研究领域的重大进展，推动我国植物基因组学研究的深入和农业生物技术产业的快速发展，定于2012年8月19－22日（19日报到）在山东省泰安市召开...
psRobot :小分子RNA整合分析软件
植物小分子RNA，主要包括microRNA和小干扰RNA，在基因的转录和转录后调控过程中具有重要作用。第二代测序技术的逐渐成熟和广泛应用极大地推动了小分子RNA相关研究的发展，对不同组织和材料中的小分...
Howto make N50 better?
N50 statistic is widely used by bioinformaticians to judge the quality of their assemblies, but it i...
差异基因分析方法
在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准： i）FoldChange FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。...
什么是selective sweep？
最近看到的几篇涉及进化的文章里面都提到selective sweep，特地对这个词进行了了解，搜到了一些资料与大家分享一下。 先贴上维基百科上的介绍： A selective sweep is the...
Pacific Bio用于基因组组装
We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back...
Pacific Bio Sequences
Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long (~5kB...
非编码RNA预测软件
[1] Family specific gene prediction software: (1)tRNAscan-SE: Search for tRNA genes in genomic seque...
RNASeq-MATS:Multivariate Analysis of Transcript Splicing
给大家推荐一款最新在Nucleic Acids Research上发表的基于转录组数据分析可变剪接的软件。下面是官方网扎你上的介绍。 MATS is a computational tool to d...
An Intuitive Explanation for Running Velvet with Varying K-mer Sizes
We often run Velvet or other de Bruijn assemblers with varying K-mer sizes (21, 23, 25, 27, etc.) to...