多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(D...
主成份分析(PCA)在生物芯片样本筛选中的应用及在R语言中的实现
主成份分析方法可以对基因芯片的样本聚类情况进行可视化,可获得样本在实验组和对照组之间的直观分布情况,从而便于对异常样本进行检测和去除,否则异常样本的存在将会对差异基因的鉴定等后续分析造成不利影响。下面...
多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正
数据分析中常碰见多重检验问题(multiple testing).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了...
PyMOL–一款强大的开源分子可视化系统
最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了...
扩充遗传字母表也许并不难
Scripps研究所科学家的一项新研究显示,DNA的复制过程其实比人们设想的更开放,更能兼容人造碱基对。 生物体的遗传信息由C、G、A 、T 4种碱基组成的,这四种碱基组成了“DNA的字母表”。人为扩...
石蜡包满(FFPE)
包埋剂embedding agent 在制作切片或超薄切片时,由于组织是柔软的,或局部的软硬不均,这样制作厚薄均匀的切片是困难的。所以有必要用一定物质浸透组织内部,整个组织一样硬化,以利于切成薄片...
外显子组测序很给力,但并不完美 Exome sequencing is not perfect
相关链接: http://www.ebiotrade.com/newsf/read.asp?page=2012523101924488 在《科学美国人》的博客上,遗传学者Ricki Lewis谈道,尽...
KS-检验(Kolmogorov-Smirnov test)
Kolmogorov-Smirnov是比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布的检验方法。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合理论分布。D=max| f(x)- g(x)|,...