做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera，最简单的方...

获取序列基本统计信息 英文原文 除了前面讲的可通过序列对象的不同方法来获取序列文件中已有的序列信息，也可以利用bioperl获取序列的其他一些信息。例如，SeqStats对象可以获取序列的分子质量，单...

BLAST 英文原文 （译者注：可以先参考这两篇文章：1）本地blast   2）perl脚本提取BLAST结果中的信息【以tblastn为例】 ） bioperl有很多序列分析软件的接口，这意味着可...

翻译 英文原文 在生物信息学中翻译的概念有两种，一是将任意核苷酸序列从头到位顺次翻译；二是将真实的编码序列，如mRNA或cDNA，翻译成相应的氨基酸序列。Bioperl都可处理。 任何alphabet...

序列对象 英文原文 前面涉及到了很多序列对象，展示了序列对象的一些创建和使用方法。这里来详细描述序列对象的功能。 下表列出了序列对象的‘方法’（面向对象编程中的概念，见前文；表的内容就不翻译了）。‘r...

从网络数据库中提取多个序列 英文原文 虽然有很多更复杂的方法从Genbank中提取多个序列，这里只展示一个比较“生物学”的办法，即利用Bio::DB::Query::GenBank模块。查询Genba...

或许你的数据没有发布，你只想部分人员访问你的Gbrowse，这就涉及到了权限管理，GBrowse提供了多种机制，你可以限制访问者的主机、IP地址、域名，或者只有通过用户名密码登陆后才可以访问。 Gbr...

从网络数据库中提取一个序列 英文原文 Bioperl强大的功能之一就是可以从各种类型的资源中提取序列而不用考虑其格式，序列文件、网络数据库、本地数据库等。在此举例说明如何利用Bio::DB::Genb...

Genbank序列描述的内容就非常丰富（类似的还有SwissProt，EMBL等格式的序列），除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状（线状还是环状？）、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...

从NCBI上下载一个fasta格式的文件，20条WRKY家族基因的蛋白序列，wrky.fasta 文件准备好了，我们想知道它的名称、描述和序列内容！有了这些信息，我们就可以做别的事情，比如判断它是DN...