Genbank序列描述的内容就非常丰富（类似的还有SwissProt，EMBL等格式的序列），除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状（线状还是环状？）、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...
Bioperl:从本地文件中获取fasta序列
从NCBI上下载一个fasta格式的文件，20条WRKY家族基因的蛋白序列，wrky.fasta 文件准备好了，我们想知道它的名称、描述和序列内容！有了这些信息，我们就可以做别的事情，比如判断它是DN...
bioperl初步使用
Perl语言的强项就在于文本处理（当然主要是纯文本），而恰好大多数生物信息学数据都是以纯文本的形式存放的（包括蛋白质、核酸等序列文件，序列比对文件，进化树文件等），BioPerl是为了分析、处理这些文...
bioperl的安装
1. 对于UNIX用户 （1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址： http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz http://searc...
Bioperl从文件中提取序列（Bioperl HOWTO翻译4）
从文件中提取序列 英文原文 新手会不太习惯使用Bio::SeqIO来处理序列文件。从某些方面可以理解，因为学过了Perl一般的处理文件方式，会对Bioperl的方式不习惯，或者认为比较复杂。但使用op...
Bioperl输出序列文件（Bioperl HOWTO翻译3）
输出序列文件 英文原文 下面将展示如何利用两个模块创建一个序列文件。上例中，已经有了一个序列对象$seq_obj，然后需要创建另一个用于读写文件的对象，SeqIO对象。IO表示Input-Output...
Bioperl创建序列对象（Bioperl HOWTO翻译2）
创建序列（序列对象） 英文原文 第一个脚本先来学习如何创建一个序列，准确的说是一个序列对象。Bioperl是“面向对象”方式的。至于为什么要用“面向对象”，Why introduce these od...
Bioperl 入门（Bioperl HOWTO翻译1）
BEGINNERS HOWTO 英文原文 原作者 Brian Osborne briano at bioteam.net 版权 原作者保留版权，基于 Perl Artistic License协议可有...