Perl语言的强项就在于文本处理（当然主要是纯文本），而恰好大多数生物信息学数据都是以纯文本的形式存放的（包括蛋白质、核酸等序列文件，序列比对文件，进化树文件等），BioPerl是为了分析、处理这些文...

 1. 对于UNIX用户 （1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址： http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz http://searc...

从文件中提取序列 英文原文 新手会不太习惯使用Bio::SeqIO来处理序列文件。从某些方面可以理解，因为学过了Perl一般的处理文件方式，会对Bioperl的方式不习惯，或者认为比较复杂。但使用op...

输出序列文件 英文原文 下面将展示如何利用两个模块创建一个序列文件。上例中，已经有了一个序列对象$seq_obj，然后需要创建另一个用于读写文件的对象，SeqIO对象。IO表示Input-Output...

创建序列（序列对象） 英文原文 第一个脚本先来学习如何创建一个序列，准确的说是一个序列对象。Bioperl是“面向对象”方式的。至于为什么要用“面向对象”，Why introduce these od...

BEGINNERS HOWTO 英文原文 原作者 Brian Osborne briano at bioteam.net 版权 原作者保留版权，基于 Perl Artistic License协议可有...

最近一个同学开发了一款很强大的进化树编辑、管理的在线服务程序，EvolView。EvolView是一个进化树可视化的软件，同时可以做各种编辑和处理，同时还支持额外增加一些数据上去，譬如把进化树和其他的...

小型测序仪一般只有台式电脑大小，价格便宜、操作简单，但通量相对较小，一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了...

一般成熟的miRNA长度在22nt左右，在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测，但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展，即使没有全基因组序列我们也能...

small RNA是生物体内一类重要的功能分子，包括microRNA. siRNA和piRNA。它的主要功能是诱导基因沉默，调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程。基于新一代高通量测序技术的s...