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测序常见问题深度分析(四)引物降解(不纯)
在测序过程中,引物质量是影响测序结果的一个重要因素,由于载体测序通常使用的是载体上的通用引物,而且是由测序公司提供,因此一般不会出现问题。而 PCR产物测序使用的是个人自己设计并合成的引物,引物的质量...
测序常见问题深度解析(三)碱基缺失
碱基缺失其实是双模板的一种特殊形态,指某一样品在某一碱基后包含两类片段,其中一条片段比另一条片段少(或多)几bp或几十bp,因此在峰图上表现为从某处开始为两个峰的叠加,碱基缺失多发生在PCR测序中,并...
测序常见问题深度解析(二)Poly结构
PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰,PolyG/C 结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一,目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响,但一般而...
测序常见问题深度解析(一)双克隆
测序过程中最常见的问题是双峰,导致整个结果不可用,有时候我们也纳闷,明明挑的是单克隆,为什么还会碰到双峰呢?其实导致双峰的原因是多种的,双克隆只是其中的一原因,而且不同的起因在峰图上表现出不同的特征,...
DNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列
启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列 如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分...
DNAstar软件的使用(一)Megalign序列比对
DNAstar软件共有七个小程序(见下图),各自执行不同的功能,Editseq用于序列编辑,Seqman可以去除载体序列和拼接序列,MegAlign则主要执行序列比对的功能. 开启MegAlign软...
箱线图(boxplot)介绍
箱线图(Boxplot)也称箱须图(Box-whisker Plot),是利用数据中的五个统计量:最小值、第一四分位数、中位数、第三四分位数与最大值来描述数据的一种方法。它也可以粗略地看出数据是否具有...
phred/phrap/consed的安装
获得软件: Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....