获得软件： Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....
Clustal难道不能批量运行？
相信Clustal程序是大家耳熟能详的序列比对软件了。其中ClustalX是windows下图形化界面的版本，ClustalW是基于命令行的版本，后者是做生物信息中一般用的比较多，今天的主角就是Clu...
RNA-seq拼接结果数据提交NCBI
RNA-seq的拼接结果也可以向NCBI提交，第一次提交，还是费了不少事，这里简单总结一下。RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库，TSA全称Transcriptome Shotgun Assem...
新算法对单细胞基因组进行测序
美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用...
我们都是谁的子孙?
最近有这样一条 有趣的消息 ，说加州一名小姑娘在做家庭作业时发现美国除了第八任总统范布伦之外所有的总统都有一个共同的祖先：1215 年签署大宪章的英王约翰。这条消息迅速激起了各种惊讶和感叹的声音，从权...
GBrowse访问数据制备
什么样的数据，数据制备为什么格式，保存为什么样的形式，GBrowse进行怎样的设置，基因组图谱上就可以展示出来了。 要展示什么样的数据？ 基因组注释数据，比如contig的拼接关系、功能基因的注释、基...
GBrowse安装记录
安装步骤 perl、mysql安装略过 apache安装 [shell] % cd httpd-2.x.xx % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --...
GBrowse的介绍与安装
什么是GBrowse？ The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer. GBrowse是个开源的基因组浏览器； 是一个图形化展示基因组...
一款不错的生物信息学分析平台
最近在biodiscover上发现一个不错的生物信息学分析平台。应该算是一个中文版的Galaxy吧。另外The Pennsylvania State University 也有一个英文版本的Galax...
生物学软件大全
1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通...