生物信息学教程系列 第三章 3 序列比对和数据库搜索 比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是...
2.生物信息数据库与查询(生物信息学教程系列)
生物信息学教程系列 第二章 2 生物信息数据库与查询 近年来大量生物学实验的数据积累，形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据，并提供相关的数据查询、数据处理的...
1.概述(生物信息学教程系列)
生物信息学教程系列 第一章 1 概述 当前人类基因组研究已进入一个重要时期，2000年将获得人类基因组的全部序列，这是基因组研究的转折点和关键时刻，意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶...
利用DnaSP计算Ka/Ks
前面已经分享了一篇文章介绍《使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性》，最近刚好在用DnaSP v5，在写一篇文章与大家分享一下利用DnaSP 计算Ka、Ks，即dN，dS。 第一步：打开主界面之...
ChIP-Seq综述
简介 ChIP-Seq：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 ChIP-Se...
外显子组测序
外显子（exon）是真核生物基因的一部分，包含着合成蛋白质所需要的信息。全部外显子，称为“外显子组”（Exome）。外显子组测序（Exome sequencing）是指利用序列捕获技术将全基因组外显子...
Gene Ontology(GO)简介与使用介绍
1.GO怎么就出现了？ 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因 素而随机改变的定义，即使是完全...
ENCODE：DNA元件百科全书(附相关论文简介与下载)
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)项目旨在描述人类基因组中所编码的全部功能性序列元件。ENCODE计划于2003年9月正式启动，吸引了来自美...
Paired-End Tags (PET)用于转录组分析
PET概述 将由各种前期实验得到较长的DNA片段，取出其前后两个端的小段序列，称作Paired-End Tags, 将这些tags进行测序然后map到基因组上，从这两个tags就可以知道得到了基因组上...
BEDTools使用详细说明
简介 1、概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (B...