MISA，英文全称为MIcroSAtellite identification tool，即微卫星识别工具。虽然前段时间看到PLoB上已经有一篇文章《利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)》来介绍MI...
三种台式高通量测序仪的比较分析
测序技术的快速发展，使小型化/台式高通量测序仪成为现实，这意味着大规模基因组测序将不再是大型实验室或科研中心的专利，中小型实验室、公司、临床检验中心都将能够利用高通量测序技术快速高效的获取大量信息，进...
primer3引物设计详解
关于Primer3的版权： 使用Primer3大致分为两类人：（1）第一类人为直接使用者，使用Primer3，一定程度上要求引用上述文献；（2）程序员，当将Primer3的源代码加入到你的程序中时，要...
如何研究基因调控(专家点评)
随着基因组学研究的深入，人们已经不再满足于了解基因的功能，而是对基因调控表现出愈加浓厚的兴趣。现在，我们知道，DNA甲基化和组蛋白修饰可调控基因，microRNA和非编码RNA也可以。基因调控的研究工...
sRNAMAP:细菌small noncoding RNA数据库
Small non-coding RNAs近年来一直研究比较热门，尤其是在真核生物中。因此PLoB网站上面也专门开辟了ncRNA专栏来介绍这一块的研究进展。最近在做一个细菌的转录组课题，需要鉴定其中的...
TopHat的安装与使用
TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上，从而鉴定可变剪切（exon-exon splice junctions）。 安装 最简单的安装方法，注意版本 下载Bo...
MapView：海量短序列比对结果的可视化软件
前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件《MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件》，大家有兴趣的可以试试。现在再给大家介绍一款短reads（譬如sol...
MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等，其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
拉马克的逆袭：用进废退学说的在表观遗传学中兴起
拉马克是进化论的先驱，他于1809年发表的《动物哲学》一书中描述了长颈鹿的进化。他认为长颈鹿因为要伸长脖子才能吃到高处的绿叶，“结果……这种动物的前腿变得比后腿长，而它的脖子也变得特别长，以至于长颈鹿...
两列样本的差异基因筛选
两列样本数据的差异基因筛选方法：FoldChange法+FDR控制 其中，FDR值的计算方法如下： 1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，...