BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词,且其词性也已经开始变化,诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜,可见其影响之深,使用之广,如同分子生物学领域中的PC...
三款热门个人型测序仪比较
为了让更多的实验室能够有机会使用新一代测序技术,各大公司也争相推出了个人型测序仪。生物通近期对市场上三款热门的个人型测序仪进行了介绍,包括罗氏454的GS Junior、Life Technologi...
FastTree:快速对成千上万条序列构建进化树
今天搜了一下,在PLoB中已经有不少介绍构建进化树的文章,目前构建进化树的算法中比较常用的有ML(maximum likelihood,最大似然),MP(maximum parsimony,最大简约)...
新一代测序技术应用于microRNA检测
汤海明1, 陈红1, 张静1, 任景怡1, 许宁2 1. 北京大学人民医院心内科, 北京 100044; 2. 瑞典卡罗林斯卡医学院医学系, 斯德哥尔摩 17176 摘要: Mic...
随机抽样一致性算法(RANSAC)
作者:王先荣 本文翻译自维基百科,英文原文地址是:http://en.wikipedia.org/wiki/ransac,如果您英语不错,建议您直接查看原文。 RANSAC是“RANdom SAmpl...
超快速序列聚类算法汇总
前段时间在Briefings in Bioinformatics上发表一篇关于超快速序列聚类分析的文章,文章原始是想列举目前可以用于meta-genome序列分析的算法,但是这列算法和工具也可以用于其...
基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略
刘万飞 王西亮 赵宇慧 曾瀞瑶 耿佳宁 胡松年 中国科学院北京基因组研究所 摘要: 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的...
蛋白质的结构与功能预测
一、蛋白质的结构与功能预测 蛋白质结构与功能的研究已有相当长的历史,由于其复杂性,对其结构与功能的预测不论是方法论还是基础理论方面均较复杂。统计学方法曾被成功地应用于蛋白质二级结构预测中,如Chou和...
多序列比对
多序列比对简介: 双序列比对是序列分析的基础。然而,对于构成基因家族的成组的序列来说,我们要建立多个序列之间的关系,这样才能揭示整个基因家族的特征。多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着...
排列与组合算法代码与原理
1.前言 本文介绍了常用的排列组合算法,包括全排列算法,全组合算法,m个数选n个组合算法等。 2.排列算法 常见的排列算法有: (A)字典序法 (B)递增进位制数法 (C)递减进位制数法 (D)邻位对...