ORF Finder  是一个图形的序列分析工具，分析并找到序列的ORF区(开放读码框架)，这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子列出所有可能的ORF区，并推导出氨基酸序列。 在线网址：http:/...

在基因组中存在着大量的重复序列，根据其重复的程度可分为简单重复序列、中度重复序列和高度重复序列。简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在真核生物基因组中广泛存在，一般是以...

一、引物设计原则 聚合梅链式反应（polymerase chain reaction）即PCR技术，是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法，故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学...

最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一：linux下用awk计算fasta...

在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完...

原理 针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出...

1、RPKM 方法 根据 RNA-seq 原理，测序过程实际上是对转录组中各转录本打断后随机采样 的过程。因此，当某基因的表达水平较高时，该基因上的读段数就多；当某基因 的长度较长时，该基因上的读段数...

生物信息学教程系列 第七章 7 功能基因组相关信息分析 功能基因组学是后基因组研究的核心内容，它强调发展和应用整体的（基因组水平或系统水平）实验方法分析基因组序列信息阐明基因功能，特点是采用高通量的实...

生物信息学教程系列 第六章 6 基因组序列信息分析 DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础，特别是随着大规模测序的日益增加，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析...

生物信息学教程系列 第五章 5 分子进化 分子进化钟的发现与中性理论的提出，极大地推动了进化尤其是分子进化研究，填补了人们对分子进化即微观进化认识上的空白，推动进化论的研究进入分子水平，并建立了一套依...