一、序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列），序列只包含序列字母...

随着测序价格不断降低，二代测序的应用现在可以说是如日中天了，Hiseq，Solexa，454等等。测序数据到手之后第一件要做的事情当然是看看数据测得怎么样了？一般测序机构提供测序数据的同时也会提供一份...

1. 测序前的准备 搜集物种相关信息，比如基因组大小，杂合度， 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断；基因组太大（>10Gb），超出了目前denovo...

利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了，例如soapdenovo，velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍，今天再次谈谈velvet这个软件，主要是推荐一些velve...

什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定...

与大家分享一段利用R绘制维恩图的代码 [code lang="R"] library(plotrix) plot(0:10,seq(0,10,length=11),type='n',axes=F,xl...

1、 -p Program Name [String] 该参数p代表的是“program”，用来选择程序。其包含五个选项： blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。 ...

写这篇文章之前，我发现其实PLoB上已经有不少文章介绍blast的使用了，读者可以点击这里查看所有blast相关的文章。今天在网上看到一篇关于BLAST使用的介绍。我认为这是目前为止介绍BLAST参数...

前面已经给大家推荐了一个在线的高通量数据分析教程《推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程》。刚刚一个偶然机会发现优酷上竟然有讲解新一代测序技术数据分析的在线视频教程，于是随便点开了几个，看了看。觉得不...

基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...