最近看到的几篇涉及进化的文章里面都提到selective sweep，特地对这个词进行了了解，搜到了一些资料与大家分享一下。 先贴上维基百科上的介绍： A selective sweep is the...

We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back...

Pacific bio sequences fall at other extreme from Illumina Solexa data. The reads are very long (~5kB...

[1] Family specific gene prediction software: (1)tRNAscan-SE: Search for tRNA genes in genomic seque...

给大家推荐一款最新在Nucleic Acids Research上发表的基于转录组数据分析可变剪接的软件。下面是官方网扎你上的介绍。 MATS is a computational tool to d...

We often run Velvet or other de Bruijn assemblers with varying K-mer sizes (21, 23, 25, 27, etc.) to...

一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...

在基因组学研究中，finish一个小的环形基因组，例如线粒体、叶绿体、质粒后，一般都会画一个全基因组的圈图，如下图： 最近我刚好在组装一个植物的细胞器，然后做了这个工作给大家推荐一个画圈图的工具OGD...

Homologous sequences. Orthologs and Paralogs are two types of homologous sequences. Orthology descri...

Regular readers are familiar with our explanation of de Bruijn graphs through the following steps - ...