写R程序的人，相信都会遇到过“cannot allocate vector of size”或者“无法分配大小为…的矢量”这样的错误。原因很简单，基本都是产生一个大矩阵等对象时发生的，最干脆的解决办法...
ABI测序仪
过去20年，美国应用生物系统公司（ABI）在测序方面一直占据着垄断地位。自公司的共同创始人Leroy Hood在上世纪80年代中期设计了第一台自动荧光测序仪之后，生命科学研究就摆脱了手工测序的繁琐和辛...
ROCH-454 测序仪介绍
454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里...
Illumina 测序仪介绍
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator）”，实现自动化...
关于RefSeq:NCBI参考序列
NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发...
NCBI参考序列（RefSeq）常见问题回答
1，什么是参考序列RefSeq？ NCBI的参考序列（RefSeq）计划，为多种生物提供序列的数据信息及相关资料，用于医学、基因功能和基因功能比较研究。RefSeq数据库中所有的数据是一个非冗余的、提...
Running newbler: more de novo assembly parameters
There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...
Running newbler: de novo assembly
This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up...
Newbler output VI: the ‘status’ files
The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status...
Newbler output V: the 454ContigScaffolds.txt and 454ScaffoldContigs.fna
In the post on what is new in newbler version 2.6, I introduced the -scaffold option. Briefly, with ...