目前发展成熟而被应用在许多研究的第二代测序技术中，被测序的library 大多为DNA而非RNA(测序原理请参照本部落格先前文章)，在现有的mRNA-seq技术中，需先将RNA反转录为DNA，制备出D...

研究生物基因转录体的方法有许多种，而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式，科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息： 1. 了解整个转录体构造、sp...

实时聚合酶链锁反应(Real-time polymerase chain reaction，简称为Real-time PCR)，又称定量实时聚合酶链锁反应(Quantitative real time...

有时候会遇到使用者询问，为什么做不同长度的mate-pair呢? 这是因为contig间的距离不同，为了将这些不同距离的contig 组装起来，得到更完整的组装信息，所以才需要使用不同长度的mate-...

当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...

GC rich的区域不易测序的原因，主要发生于以下两个阶段: 1. PCR 阶段 由于GC rich的区域，其氢键数较多，稳定性较强，因此在PCR时，GC rich的区域较不易分开，因此不容易被扩增。...

芯片分析概述 随着基因芯片技术的普及，基因表达数据大量产生，如何充分利用这些数据并从中提取有用的生物学知识，是生物信息学所面临的一个迫切问题。简要来说，生物芯片数据分析流程大体可分成以下几个阶段。 扫...

高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低...

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp:...

还在纠结用如何用R读取Excel的同学有福了。昨天逛CRAN的时候发现了一个xlsx包，它给出的介绍是可以读取、写入Excel 2007/2003文件并支持格式的设置。简单地来说，将Excel读取为数...