从由细菌、古细菌和病毒组装的错综复杂宏基因组DNA序列中,研究人员获得一种神秘的广古菌的整个基因组序列。 宏基因组学(metagenomics,译者注:也常译作环境基因组学)就是取样---一勺泥土或一...
Linux crontab 命令格式与详细例子
基本格式 : * * * * * command 分 时 日 月 周 命令 第1列表示分钟1~59 每分钟用*或者 */1表示 第2列表示小时1~23(0表示0点) 第3列表示日期1~31 ...
perl文件的读写
一、打开、关闭文件 语法为open (filevar, filename),其中filevar为文件句柄,或者说是程序中用来代表某文件的代号,filename为文件名,其路径可为相对路径,亦可为绝对路...
perl内置变量
大家先看一个例子: [code lang="perl"] #!/usr/bin/perl use warnings; @array = qw(a b c d); foreach (@array) { ...
N50多少,证明组装的好
1、简介 大家在科研和工作过程中,经常会接触到n50,n90,这些概念。比如从头组装一个基因组,n50应该达到多少,才算合适呢。当然现在情况下,接触牛叉的测序新技术,是越长越好, 但是对于那些不好组装...
因变量有序多分类资料的logistic回归:SPSS操作与回归系数的解释
有序多分类的logistic回归在spss操作上并不难,难的是对回归系数的解释。诸多教程上将OR(即exp(β))解释为“固定其他因素的影响,自变量每改变一个单位,因变量提高至少一个(一个及一个以上)...
重复测量数据分析系列:广义估计方程
相比方差分析,纵向数据在采用多水平模型进行分析时拥有众多的优势,但需要正确指定方差协方差矩阵,这并不是一件容易的事情。有时候我们也会遇到分类重复测量资料,这种类型的资料也不是方差分析和对水平模型能解决...
R语言 KS(Kolmogorov-Smirnov)检验
Kolmogorov-Smirnov正态性检验 Kolmogorov-Smirnov是比较一个频率分布f(x)与理论分布g(x)或者两个观测值分布的检验方法。其原假设H0:两个数据分布一致或者数据符合...
参数检验与非参数检验
参考网友的资料进行总结: 参数检验与非参数检验的区别。 1)参数检验:以已知分布(如正态分布)为假定条件,对总体参数进行估计或检验。 2)非参数检验:不依赖总体分布的具体形式和检验分布(如位置)是否相...
去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit
这个软件(也有在线服务器,见其官网http://www.bioinformatics.org/cd-hit/)是中国人(Weizhong Li)写的,很好用,最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列...