个概念:RR和OR 二分类资料的logistic回归SPSS操作示例 几个需要注意的问题:样本量、哑变量、模型拟合效果和拟合优度检验、多重共线 【1】两个概念 RR(Relative Risk):相对...
生存分析
生存分析是分析生存时间的统计学方法,其因变量需要用生存时间和结局状态两个变量来刻画,可以将终点事件是否发生以及发生终点事件所经历的时间相结合起来。生存分析的主要内容有生存时间的分布描述、生存时间分布的...
R语言的各种检验
1、W检验(Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验) 检验数据是否符合正态分布,R函数:shapiro.test(). 结果含义:当p值小于某个显著性水平α(比如0....
MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据,当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列,这就是蛋白质与DNA相到作用所...
DNA motif 搜索算法总结
DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在短暂时间内锚定功能蛋白。通常,DNA功能域的长度...
Bio-Linux:为生物信息学定制的Linux操作系统
今天有人在BioAsk上讨论关于Bio-Linux,关于问题看这里《有用bio-linux系统的么?》,于是上网搜了一下关于Bio-Linux的简介。 Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的...
MACS2 安装
最近在学习和使用MACS2,由于Ubuntu的一些配置问题,致使在MACS2的安装始终遇到中断,在查询很多资料以后,最终安装成功,现在与大家在这里一起分享: 1)下载MACS2 $ python se...
Canu的graph和contig生成过程
这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的,我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么...
Win8 x64 + Office Word 2013 x64 无法自动加载 Endnote X6 的解决方案
系统环境如下:win8 x64英文原版+office2013 x64 简体中文版+Endnote x6 网上有很多文章,关于64位Office Word 2013加载EndnoteX6的解决方案,但基...
Muscle进行多序列比对
软件的主页是 http://www.drive5.com/muscle/ 进入主页,简单看看软件介绍,这个软件还是蛮牛的,一个人在家里自己写出来的,当然,对于普通人来说,这个软件跟clustalW没什...