什么是bootstrap? bootstrap就是从一个原始样本中进行有放回的重复采样,采样大小和原始样本大小相同,采样次数根据计算量而定。从每个重新样的样本中可以计算某个统计量的bootstrap ...
GATK4.0和全基因组数据分析实践(下)
前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据(Fastq->VCF)的具体执行过程。那么,在这一篇文章里,我们就来好好谈谈后续非常重要的一个环节——也是本次实践分析...
本地Blast2GO安装,及其数据库更新和导入数据中断的解决方案
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本,以及指导如何更新数据库,并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效,同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形...
Windows下使用HTSeq计算read count
重新开始更新我的博客。 这一周主要就在纠结怎么用HTSeq计算read count。最初尝试使用linux服务器,最后没安装成功。换过mac,还是不成功。最后只好选择在window下安装的方法。 安装...
NGS分析入门:设置运行环境
首先的问题的是,我们需要什么样的计算机。 关于硬件, 需要至少4G内存,最好可以达到16G以上内存; 至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右,如果再加上分析之后的结果,可能达...