OrthoMCL的使用分13步进行，如下：1. 安装和配置数据库Orthomcl可以使用Oracle和Mysql数据库，而在这里只介绍使用Mysql数据库。 修改配置文件/etc/my.cnf，对My...

这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)，对之前的布局进行调整，使结构更加适合于发表。 染色体的位置顺序 默认情况下是会显示所有的染色体，而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8...

通常circos的中间部分不是空白区域，会用一条条线进行连接，表示两个染色体部分区域有关系。 数据格式 对于link，circos要求输入数据至少有6列，分别是chr1 start1 end1 chr...

这一篇会在之前的基础上开始在circos绘制基因密度信息。为了保证一致性，可以新建如下几个文件 circos.conf: karyotype = karyotype.tair10.txt chromo...

在从零开始学CIRCOS绘制圈图(一)， 我们已经绘制出一个比较丑的circos图，这一部分是讲解一些细节。 这一部分会从上一步的两个文件开始，分别是 karyotype.tair10.txt chr...

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-se...