尽管测序技术在不断发展,但不论是哪种测序平台,测序过程中都不可避免地存在一些错误。《Nature Review Genetics》近日发表了一篇很有意思的综述,谈论了NGS实验中错误的来源,以及如何利...
solexaQA对测序数据进行简单过滤
一.下载该软件 http://solexaqa.sourceforge.net/index.htm 下载解压开 现在已经把它的三个功能整合到一起啦 之前是分开的程序,我主要用它的两个perl 程序,我...
下载最新的蛋白相互作用数据库-STRING
string数据库是PPI领域里面最完备已经最受欢迎的数据库了。如果直接在谷歌里面搜索PPI,映入眼帘就是string的官网,它们的主页现在是html5啦,比较精美: http://string-db...
转录因子预测数据库JASPAR使用教程
JASPAR 数据库包涵了 9 个不同的子库,其中 JASPAR CORE 数据库属于高质量,非冗余转录因子数据库,包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物,线虫...
[转]康奈尔生物统计学家张志武2014年招收博士生三名
张志武2014年招收博士生三名 【博士导师简介】统计遗传学家,就任康奈尔大学遗传多样性研究所,兼东北农业大学外聘教授。2007年将遗传标记关系矩阵引入MTDFREML遗传评估系统,推动了全基因组选择实...
连锁不平衡的计算方法
连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)是指在某一个群体中,不同座位上两个基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率现象。 我们一般用D,D'和r2来表示LD的程度。 D是LD的...
链特异性转录组原理
实验原理: 信息分析方法 trinity有该分析比对流程,下面博主就不用多说了吧,分析方法基本一致,只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题,解决方案如下: 原文来自:http...