一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-se...

1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比如全基因组的proteins）归类到ortholog groups、in-paralogs groups和c...

用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是...

最近在处理一批RNA-seq的数据，里面混入了spike-in。利用spike-in矫正之后，样本A的基因表达量普遍比样本B的基因表达量高3-5倍，这和我所熟知的背景知识是一致的。 但是当我使用DES...

什么是bootstrap？ bootstrap就是从一个原始样本中进行有放回的重复采样，采样大小和原始样本大小相同，采样次数根据计算量而定。从每个重新样的样本中可以计算某个统计量的bootstrap ...

前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq->VCF）的具体执行过程。那么，在这一篇文章里，我们就来好好谈谈后续非常重要的一个环节——也是本次实践分析...

本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形...

重新开始更新我的博客。 这一周主要就在纠结怎么用HTSeq计算read count。最初尝试使用linux服务器，最后没安装成功。换过mac，还是不成功。最后只好选择在window下安装的方法。 安装...

首先的问题的是，我们需要什么样的计算机。 关于硬件， 需要至少4G内存，最好可以达到16G以上内存； 至少500G硬盘空间。通常一个RNA-seq的数据量为20G左右，如果再加上分析之后的结果，可能达...

当二代测序的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projec...