原文链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072887 摘要 单细胞RNA测序技术的发展加深了我们对于细胞作为功能单元的理解,不仅能基于成...
ggplot2作图详解7:主题(theme)设置
凡是和数据无关的图形设置内容理论上都可以归 主题类 但考虑到一些内容(如 坐标轴 )的特殊性,可以允许例外的情况。主题的设置相当繁琐,很容易就占用了大量的作图时间,应尽量把这些东西简化,把注意力主要放...
ggplot2作图详解6:标尺(scale)设置
标尺是ggplot2作图必需的元素,在《映射》一节提到了它的概念并简单进行了设置。在数据分析阶段,为避免陷入数据无关的垃圾坑,我们只需要设置映射,ggplot2自动配置合适的标尺并产生坐标和图例。这是...
ggplot2作图详解5:图层语法和图形组合
图层设置是ggplot2做图的关键。通过查看ggplot图形对象的数据结构我们了解到一个图层至少包含几何类型、统计类型和位置调整三方面的东西,当然数据和映射得首先建立。如果把ggplot2当成是太极,...
ggplot2作图详解4:分面(faceting)
“facet”一词这里翻译为“分面”,不知道是否准确,可以斟酌。虽然我们前面说过ggplot2分面最终的效果是一页多图,但跟通常所说的在“一个页面中绘制多个图形”还是有区别的。ggplot2仅仅体现的...
ggplot2作图详解3:映射(mapping)
作图前的数据准备工作不仅仅指原始数据的收集,还包括数据外观的整理,这些工作对后续的作图无疑十分重要。和其他作图方法相比,ggplot2的优点之一就是把数据整理融合到了作图过程中,替用户分担了数据整型的...
ggplot2作图详解2:ggplot图形对象
前面我们使用qplot函数对ggplot2做图的方法进行了初步的了解,并比较了qplot和plot函数的用法。从最终得到的结果(图形)来看,除了外观不同外好像qplot函数和plot函数并没有什么本质...
PASA的安装与使用
1. PASA简介 PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotatio...
R/BioC序列处理之五:Rle和Ranges
1 Rle(Run Length Encoding,行程编码) 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大,但染色体数量很少,如果每条序列的染色体定位都显式标注...
利用phylip构建进化树详解
构建进化树可以用DNA序列,也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析: 一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤 1. 运行Clustalw,得到pro...