Biostrings最后一节，介绍模式匹配和序列比对的相关函数和操作。 下面我们使用拟南芥基因转录起始点上游1kb的序列进行分析。序列文件可以从TAIR网站（http://www.arabidopsi...

还是先获取随机DNA序列和其他序列对象： library(Biostrings) rndSeq <- function(dict, n) { paste(sample(dict, n, repl...

序列说到底就是文本/字符串类型的数据，你完全可以用纯纯的R base函数来处理，只是太麻烦，而且效率很低。BioC的IRanges包从数据结构和运算规则等角度对生物序列做了很细致的定义，是使用R高效处...

一、描述统计量 R为描述统计量的计算提供了较全函数。我们用R自带的sunspots数据对这些函数做简单了解： > sp <- sunspots > class(sp) [1] "ts...

有关绘图的全局参数多数都可以使用par()函数设置，该函数有丰富的在线参考信息，可通过?par获得。这只讲些常用参数的设置。 一、图形边距：mar/mai参数 R绘图参数中表示距离大小的一般都有“英寸...

一、基本柱形图： 从R自带的airquality中获取一些数据做示例： set.seed(1000) # 查看 airquality 数据集的基本结构 str(airquality) ## 'data...

一、曲线图 从R自带的airquality中获取一些数据做示例： set.seed(1000) datax <- as.matrix(na.omit(airquality)) x <- s...

R作图包plotrix提供了不连续y轴（或者称断裂y轴）图形的绘制，原barplot函数的beside参数都不能用，图形也不怎么如意： library(plotrix) par(mar=c(3,3,1...

使用R处理数据完全可以不了解它的编程方法，但编程可以提高效率。 一、运算符   二、向量运算规则 R语言的数据以向量为基础。向量的运算不需要通过下标循环一个个元素来进行的。如果两个向量长度相同，是对位...

先了解一个概念：函数。简单地说，把一些R语句（赋值、计算或其他操作步骤）包装起来并给它一个名称，这就是函数。我们前面接触过的getClass( ), class( ), head( ), rep( )...