图层设置是ggplot2做图的关键。通过查看ggplot图形对象的数据结构我们了解到一个图层至少包含几何类型、统计类型和位置调整三方面的东西，当然数据和映射得首先建立。如果把ggplot2当成是太极，...
ggplot2作图详解4：分面（faceting）
“facet”一词这里翻译为“分面”，不知道是否准确，可以斟酌。虽然我们前面说过ggplot2分面最终的效果是一页多图，但跟通常所说的在“一个页面中绘制多个图形”还是有区别的。ggplot2仅仅体现的...
ggplot2作图详解3：映射（mapping）
作图前的数据准备工作不仅仅指原始数据的收集，还包括数据外观的整理，这些工作对后续的作图无疑十分重要。和其他作图方法相比，ggplot2的优点之一就是把数据整理融合到了作图过程中，替用户分担了数据整型的...
ggplot2作图详解2：ggplot图形对象
前面我们使用qplot函数对ggplot2做图的方法进行了初步的了解，并比较了qplot和plot函数的用法。从最终得到的结果（图形）来看，除了外观不同外好像qplot函数和plot函数并没有什么本质...
PASA的安装与使用
1. PASA简介 PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotatio...
R/BioC序列处理之五：Rle和Ranges
1 Rle（Run Length Encoding，行程编码） 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大，但染色体数量很少，如果每条序列的染色体定位都显式标注...
利用phylip构建进化树详解
构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析： 一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤 1. 运行Clustalw，得到pro...
R/BioC序列处理之四：BSgenome简介
一、BSgenome和BSgenome数据包 Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgeno...
AMOS的安装和使用
AMOS是最早的比较基因组组装软件，AMOS的安装需要先安装MUMer和Qt。 $ wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...