1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa...
使用 PASHA 进行基因组组装
1. PASHA 简介 并行化运算，速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/...
使用Platanus进行基因组组装
1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...
使用ABySS进行基因组组装
1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....
使用MaSuRCA进行基因组组装
1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...
使用R按照指定宽度计算覆盖率
如何使用R来按照bin（比如说每200碱基宽）来计数覆盖度并生成一个bedgraph文件呢？ 这个其实就是所谓的resample问题。可以使用?tileGenome来解决。 [code lang="R...
手把手教会高速下载SRA数据
一、SRA数据结构 SRA（Sequence Read Archive）数据包括下面四级。 NCBI BioProject：PRJN**** ，是单个研究计划，可能包含多个样本和数据集。 SRA Ex...
Taqman原理和视频
应用一对双标记Taqman探针，分别针对双等位SNP的不同基因型，只有完全匹配的探针扩增出各自对应的基因型；用两种荧光染料Fam，Hex（Vic）分别标记这两种探针，就可以在一次PCR反应中完成对单个...
【基迪奥】测序，生物信息分析疑问解答（一）
Q1:请问下高通量测序相对基因芯片有何优势？ A:高通量测序有如下优点: 1) 准确性高，可重复性高; 2) 不仅能对已知的基因进行检测，还能对新基因进行寻找; 3) 对基因表达量的检测限更广（对高丰...
PyroSequencing—DNA甲基化分析的金标准
DNA甲基化是生命发育调控的重要手段。一个人全身各处细胞中DNA序列基本一致，但是各种分化的细胞可以特异性地分化出各种功能，表观的调控起了绝大部分的作用。而表观的调控中，甲基化的修饰又是重中之重。 甲...