1. MAFFT 简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-...

考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据...

前言：首先，这一篇博文中的内容并非原创，而是对多篇文献中内容的直接摘录，有些图片和资料还来自身边的同事（在此深表谢意！），再夹杂自己的零星想法，写在这里分享与大家，同时也是为了方便自己日后若有需要能够...

作者：孙学军，原文：http://blog.sciencenet.cn/blog-41174-773566.html Brian Dias去年10月作了父亲，和许多新父母一样，孩子出生前他就开始考虑要...

有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Scie...

什么是vcf?全称是variant call format，是用来记录SNP,INDEL和SV变异信息的文本。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的...

随着PLOB上的文章不断增加，为了方便大家使用PLOB，新上线“我的收藏夹”功能。大家可以在阅读具体文章的时候，在文章页面点击在线收藏链接即可以收藏文章，下次访问时直接从在线收藏夹中点击收藏的页面。 ...

在数据进行分析时，我们往往需要先看一下数据的基本信息，比如求和、平均数、标准差、标准误、中位数、四分位数、最小值、最大值、极差、偏度、峰度等。在R中这不是难事，有N多的程序包函数可以实现这些功能，有时...

利血平可以使小鼠的去甲肾上腺素等递质下降，现考察某种新药是否具有对抗利血平的降递质作用，将24只小鼠随机分为4组，并给与不同的处理后，测量闹钟去甲肾上腺素的含量（ng/g组织），结果如下： 试进行分析...

当资料不满足正态分布时，教科书里常常说可以通过变量变换将原始数据做某种函数的转换，常用的变量变换有对数变换、平方根变换、平方根反正弦变换、倒数变换等，这些变换有各自适用的数据，需要多次尝试来寻找合适的...