PlantGDB's Comprehensive plant Gene Annotation Tool (CpGAT) workflow allows users to annotate any ge...
用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析
差异分析的套路都是差不多的,大部分设计思想都是继承limma这个包,DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本,看样子应该不会有DESeq3了,哈哈,它的设计思想就是针对count类...
DISCOVAR的使用
1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果,对基因组进行 Variants cal...
Cufllinks的安装与使用
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...
将数据转换为正态分布
1、对数变换 即将原始数据X的对数值作为新的分布数据: X’=lgX 当原始数据中有小值及零时,亦可取X’=lg(X+1) 还可根据需要选用X’=lg(X+k)或X’=lg(k-X) 对数变换常用于(...