VariantRecalibrator参数详解 VariantRecalibrator -badLodCutoff 当LOD得分低于这个值的时候，就用于构建高斯混合模型的bad variants。默认...
GATK使用方法详解（实例：对INDEL结果进行校正）
对INDEL结果进行校正，与SNP基本一致，只不过INDEL需要使用的known resource不一样 第一步： 同SNP 多选择一些注释类型，但是不用选择tranche值,tranche值是专门为...
GATK使用方法详解（实例：对SNP结果进行校正）
第一步： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -R hg19.fa --maxGaussians 4 -numBad 10000 (这个参数在最新的GATK版本里面已经没有了...
GATK使用方法详解（原始数据的处理）
1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping） 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。 Bwa比对步骤大致如下： （1）对参考基因组构建索引： 例子：bwa i...
单细胞分析之harmony
Harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用soft k-means clustering算...
使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异
对于RNA-seq，除了gene水平的差异分析外，还可以进行exon水平的差异分析。这时可以使用Bioconductor的DEXSeq软件包。 使用DEXSeq软件包，其输入为Count table。...
统计学的真实含义
统计学是通过搜索、整理、分析、描述数据等手段，以达到推断所测对象的本质，甚至预测对象未来的一门综合性科学。 嗯，以上是统计学课本中对统计学的定义！ 但是近日，一位来自谷歌的统计学家却发长文表示“统计学...
Linux入门及转录组分析实战培训（免费）
课程特色 完全免费：本次课程不收取任何费用； 使用云计算： Linux课程中，我们首次引入云计算，教你分分钟搭建起自己的服务器； 重视实战：通过实战练习，掌握使用Linux做转录组分析； 新颖的转录组...
CellChat细胞通讯分析
写在前面的话：关于细胞通讯的工具有很多，cellchat只是其中一个。网上关于CellChat的解读也很多，我在学习的时候也参考了一些，具体参考列表我都在文中标注了哈。这里只是我在学习细胞通讯和Cel...
单细胞测序技术概览
2013年，单细胞测序技术开始成为科研界主流关注的焦点。 前言 2013年，单细胞测序技术（single-cell sequencing）荣膺《自然-方法》年度技术。单细胞测序技术有助于我们剖析细胞的...