首先什么是Nomogram?简单的说这是一种将Logistic回归或Cox回归图形化呈现的方法，可以让读者从图中很简便地根据预测变量的值得到因变量的大致概率数值。其对于Logistic回归或Cox回归...
Mothur Linux上使用
一、安装 下载 http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur， 我下载的是中间那个，但不知道最后一个的readline是干嘛的，有高手可以指点下。 下载后得到压...
大数据与生命科学
原文来自《生命科学研究快报》，游文娟 编译 编者按： 2014年6月13日，《科学》杂志刊载了一篇由美国科学促进会（AAAS）科技出版顾问Mike May撰写的一篇题为“Big Biological ...
上传基因组数据到NCBI
1、创建 BioProject 号和 BioSample 号 对某一个物种进行了基因组测序，则申请 BioProject 和 BioSample 号各一个。 2、使用 tbl2asn 准备后缀为 .s...
图解SPSS数据分析(二)：正态性检验和其他统计分析过程
本文介绍利用SPSS软件进行数据正态性检验以及其他常见统计分析方法包括相关(适用于两个变量的相关关系)、多元线性回归、Logistic回归、COX回归和生存分析的详细过程。正态性、方差齐性是T检验和方...
用limma包的voom方法来做RNA-seq 差异分析
大家都知道，这十几年来最流行的差异分析软件就是R的limma包了，但是它以前只支持microarray的表达数据。 考虑到大家都熟悉了它，它又发了一个voom的方法，让它从此支持RNA-seq的cou...
基因组标准注释文件-Gencode数据库
Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品，也是由大名鼎鼎的sanger研究所负责整理和维护，主要记录了基因组的功能注释，比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因，哪些假基因，哪些lncRNA...
Origin：4 步做出完美数据结果图
Origin 是 OriginLab 公司研发的专业科研软件，具有完善的数据分析处理能力和专业制图能力。想要分析实验结果、做汇报、发 paper，都少不了 Origin 的处理。不同学科的数据处理方法...
总结：Bootstrap(自助法)，Bagging，Boosting(提升)
前言 最近在理清一些很必要的也很基础的东西，记录一下，结合网上和文献，自己也有些易化使之更轻松理解，如有错误，请不吝赐教，多谢！ Bootstrap(自助法 Bootstrap是一种抽样方法 核心思想...
使用Prism绘制局部放大的生存曲线
生存分析中事件的发生率较低，为了更好的展示生存曲线，很多作者选择通过放大y轴，方便读者解读。 以两组风险函数曲线为例(纵坐标是1-生存率)，使用软件：Prism。 (1)打开Prism，选择Su...