陈连福第三期NGS生物信息学讲习与交流会议邀请函 会议简介 生物信息学入门艰难，精通更难。同时，生物信息学的重要性越来越紧迫，对其的需求量也越来越大，加上其技术性较深入，未来永远会缺乏精通生物信息学的...

与其他高通量测序技术类似，10x Genomics单细胞转录组测序数据的各项主要指标需要经过统计和质控，以便评价测序数据的整体质量。在众多的指标中，关于测序饱和度（sequencing saturat...

读博那几年，闲着没事就喜欢做各种软件的测试对比。有时候几个转录组样本非得用两三个差异分析方法都做一遍。严谨起来就给它们之间求一个交集，狡猾起来就谁的结果「更好」就用谁（想必你也是这么做的）。 2021...

【絮语】 一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT...

【絮语】 TEXshade 是 Latex 的一个宏包，可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化，并可以对重要的位置和区域作出标记。用 TEXshade软件包能做出来的多重...

【絮语】 多重比对是核苷酸和氨基酸序列分析的重要内容之一，通过多重比对，可以找出序列的保守区域，可以为分子进化分析提供依据。但由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.a...

【絮语】 在进行系统发育分析过程中，建树序列的进化模型选择是至关重要的一步，尤其对进化模型敏感的ML法和BI法，更是重中之重。对于一些新手而言，经常使用默认参数而忽略了这一关键步骤，从而导致建树结果的...

monocle3简介 monocel3的优势 从UMAP图识别发育轨迹，可以继承Seurat的质控、批次校正和降维分析结果，实现“一张图”展现细胞的聚类、鉴定和轨迹分析结果。 自动对UMAP图分区（p...

【絮语】提交序列常见有两种方式，一种是Bankit ，另一种是Sequin，前者适合少量序列，后者则适合批量的序列。很多新人对 Sequin 望而却步，其实只要做好序列提交的三个文件准备工作，提交序列...

在使用orthoMCL软件时，遇到了这三个概念，说一下自己的理解： ortholog：源于物种形成时，在物种间垂直传递。 outparalog：源于物种形成前的基因复制，然后在物种间垂直传递。 inp...