DNA甲基化分析流程示意图 Workflow of high-throughput DNA methylation analysis. The workflow shows the ba...
Circos在windows环境下运行的详细教程
########################################################### ################### 一、下载安装circos及perl ##...
NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ 里面主要有以下几个文件 我这里主要介绍gene2ensembl,gene2accession, gene2pubmed...
转录组cummeRbund操作笔记
这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包,能出大部分文章要求的标准化图片。 一:安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/bio...
在centOS 5上安装HTSeq
安装HTSeq,需要Python版本在2.5以上(但是在Python 3下不行),并且需要安装NumPy。如果已经安装了NumPy的话,安装HTSeq并不困难。但是如果没有安装的话,可能会比较麻烦。 ...
转录组HTseq对基因表达量进行计数
一:下载安装该软件 下载htseq这个python模块安装解压包,依赖于很多python的其它安装包及库,模块,我最讨厌python了,在有些电脑上特别难安装,而且服务器还有权限的问题。 解压进入该目...
转录组比对软件tophat的使用
为什么要用这个软件?:因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好,所以我们选择tophat 它做了什么?:tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因...
根据已知的参考基因组和GTF创建适合自己分析的基因组和GTF
############################################################### ######################## Genome buil...
利用SPSS进行缺失值的多重插补
缺失值是我们临床研究中经常碰到的情况,如何处理缺失值至关重要。如何使用SPSS进行缺失值的多重插补,先看一下原始数据,原始数据出自张文彤教授的SPSS 统计分析高级教程,并对缺失数据进行改动。 首...
单细胞RNA-seq分析介绍
为什么要学习single-cell RNA-seq 在整个人体组织中,细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的,为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型,我们需要更高分辨率的技术,而scRNA-seq提...