前些日子，在JAMA上发表了一篇文章，建议在医学研究领域中，将统计学P值的阈值从0.05下调至0.005。仅看标题，小编和大多数人的第一想法是一样的，以后发paper的难度系数激增啊!现如今，我们做临...

绝大多数的论文撰写,均需通过一定数量临床病例(或资料)的观察,研究事物间的相互关系,以探讨客观存在的新规律。如确定新诊断、新治疗等措施是否优于原沿用的方法,就需进行两种方法比较,这就涉及统计处理;统计...

热图(heatmap)绘制有很多方法，最多就是R了吧，Excel，MATLAB 也很常见，各种工具琳琅满目，这里我向大家推荐一款非常简单高效的热图绘制工具，更重要的是，它完全不需要命令行！！，完全满足...

拿到诊断试验结果之后，许多医生会问：“这项试验结果可重复吗?”如果一项诊断试验的结果不能重复，无论有多好的灵敏度和特异度，该诊断试验的实用价值都是非常小的。 那么，什么是可重复性，它和真实性的关系又是...

随机分组(Randomization)是指总体的每一个观察单位都有同等的机会被选入样本中来，并有同等的机会进行分组。随机分组的目的是通过随机，均衡干扰因素的影响，使试验组和对照组具有可比性，避免主观安...

1. Circos简介 Circos用于画基因组圈图。其帮助文档：http://www.circos.ca/documentation/tutorials/ 2. Circos的安装 Circs是pe...

在数据分析的时候，我们的目标是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景 不同样本 同一样本的生物学重复 同一样本的技术重复 同一样本在同一个实验室由同一...

ENCODE项目向我们揭示，人类基因组中超过70%能得到转录，只不过不会发生在同一个细胞里。为了研究如此多样的转录本，研究人员开发了许多技术，其中RNA测序（RNA-seq）是最全面也最有效的。 许多...

介绍完liger的数学原理，我们便可以来跑一跑liger的流程，并对liger的数学原理和参数选择有更深刻的理解。我们可以在GitHub上找到liger的码源以及相关的教程，本文也主要翻译自GitHu...

DESeq2是比较常用的bulk RNA-seq分析软件，也可以处理类似的ChIP-Seq，shRNA以及质谱数据。DESeq2基于负二项分布的模型对count table进行数据处理，因此需要的输入...