不知各位小伙伴们在申请一些基金时，是否被要求提交研究方案以后还需要提交一份统计分析计划呢?当然，目前这还只是新药临床试验和小部分基金项目的要求，不知道以后会不会扩大成为大部分基金申请的要求呢。所以，我...
SPSS进行单因素方差分析
一、概念(分析-均值比较-单因素方差分析)： 按照单因子变量(自变量)生成对定量因变量的单因素方差分析。方差分析用于检验数个均值相等的假设。这种方法是双样本t 检验的扩展。除了确定均值间存在着差值外，...
统计学：非参数统计非参数统计
什么叫非参数统计？先从参数统计说起。总体的特征值叫参数，一些特定分布都有其参数，如正态分布由μ、σ两个参数所决定。有些统计方法是根据特定分布设计出来的，如估计正常值范围的正态分布法、U检验等是根据正态...
蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量
在 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用 这篇文章中介绍了如何使用MaxQuant进行蛋白质定量。但是只适用于样品少（11个样品以内）的分析，但是如果样品特别多（比如有18个样品）时，标记是不够用的...
conda下安装jupyter notebook
1、配置虚拟环境 首先按照《Conda常用命令》教程创建需要的虚拟环境，譬如base和deep。分别切换到这两个环境下执行以下命令。 下面名为deep的虚拟环境为例。 切换conda环境到deep c...
浅谈多重检验校正FDR
例如，在我们对鉴定到的差异蛋白做GO功能注释后，通常会计算一个p值。当某个蛋白的p值小于0.05（5%）时，我们通常认为这个蛋白在两个样本中的表达是有差异的。但是仍旧有5%的概率，这个蛋白并不是差异蛋...
HGVS变异命名规则简介(PPT版本)
规范的命名是基因变异解读中不可或缺的一部分。ACMG变异分类标准建议对变异进行统一的标准化命名以确保定义明确并实现基因组信息的有效共享和下游使用。1998年由人类基因组变异协会（HGVS）、人类变异项...
GSEA使用事项小结
最近为了了解下GSEA的算法的整体思路以及软件一些主要参数的具体含义，从头看了下其R代码，由于其R代码是作者在软件早期写的，其功能并不是很完善，但是其核心的思路还是在代码中体现出来了（其实主要还是GS...
ChIP-Seq分析小实战（三）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...
ChIP-Seq分析小实战（二）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...