ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术，我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的...

01、PROGgeneV2 http://genomics.jefferson.edu/proggene/ PROGgeneV2可以分析乳腺、结直肠、卵巢、皮肤、眼、胸腺、肾上腺、胰腺、胃、甲状腺、膀...

这个软件比较重要，尤其是对做遗传变异相关研究的，很多人做完了snp-calling后喜欢用ANNOVAR来进行注释，但是那个注释还是相对比较简单，只能得到该突变位点在基因的哪个区域，那个基因这样的信息...

VEP是国际三大数据库之一的ENSEMBL提供的，也是非常主流和方便，但它是基于perl语言的，所以在模块方面可能会有点烦人。跟snpEFF一样，也是对遗传变异信息提供更具体的注释，而不仅仅是基于位点...

本来搞差异分析的工具和包就一大堆了，而且limma那个包已经非常完善了，我是不准备再讲这个的，正好有个同学问了一下这个包，我就随手测试了一下，顺便看看它跟limma有什么差异没有！手痒了就记录了测试流...

二代测序二代测序是做什么的 如何选择好的barcode barcode组合举例 建库测序时barcode是如何发挥作用的 barcode，也叫index，在二代测序里面是用于区分不同样品的。为了避免概...

1 混合样本测序 现代测序仪的生产能力正在经历突飞猛进的提高，数据量远远大于单个样本测序所需，因此在很多情况下，需要把多个样本混合在一起测序，以充分发挥仪器的能力，节约测序成本。像外显子组测序、转录组...

CNVnator可用于分析全基因组CNV。 软件依赖于root框架以及samtools。最终的可视化也是依赖于root软件，另外还有衍生的拓展程序CNVpytor。从更新时间以及介绍页面看，CNVpy...

刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。 为什么要有barcodes ？ 原因很简单，一个lane有效数据30来G 我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA...

“就提取几个序列，不需要命令行” ================================================== 刚接触生物信息学的同学，或者（和我一样）只是使用生物信息相关知识...