1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...

如何使用R来按照bin（比如说每200碱基宽）来计数覆盖度并生成一个bedgraph文件呢？ 这个其实就是所谓的resample问题。可以使用?tileGenome来解决。 [code lang="R...

一、SRA数据结构 SRA（Sequence Read Archive）数据包括下面四级。 NCBI BioProject：PRJN**** ，是单个研究计划，可能包含多个样本和数据集。 SRA Ex...

应用一对双标记Taqman探针，分别针对双等位SNP的不同基因型，只有完全匹配的探针扩增出各自对应的基因型；用两种荧光染料Fam，Hex（Vic）分别标记这两种探针，就可以在一次PCR反应中完成对单个...

Q1:请问下高通量测序相对基因芯片有何优势？ A:高通量测序有如下优点: 1) 准确性高，可重复性高; 2) 不仅能对已知的基因进行检测，还能对新基因进行寻找; 3) 对基因表达量的检测限更广（对高丰...

DNA甲基化是生命发育调控的重要手段。一个人全身各处细胞中DNA序列基本一致，但是各种分化的细胞可以特异性地分化出各种功能，表观的调控起了绝大部分的作用。而表观的调控中，甲基化的修饰又是重中之重。 甲...

临床研究中，经常要计算某个样本的率(proportion)，以及根据样本的率估算总体率的95%可信区间(Confidence Interval，CI)。样本率的计算很容易，那如何计算估算总体率的95%...

简单的讲HMMER就是一款比对软件，可以类似于blast等，但是它提供的比对结果要精确于blast,相应的速度也要慢。与其类似的比对软件有PSI-blast、SAM、PFTOOLS等。 用途一：对于一...

在多细胞生物组织内，细胞往往通过介质将发送的信息传递给其他细胞。信息一旦发出，其他细胞会做出三种反应：响应、无响应和接收不到。这种模式非常类似于我们用电话跟其他人打电话时的场景，当我们拨打电话之后，对...

信号肽（signal peptides） SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具，预测给定的氨基酸序列中是否存在潜在的信号肽剪切位点及其所在未知。最新的版本是SignalP 5....